Trong quá trình triển khai thực hiện đề án, Hậu Giang cũng đã ghi nhận một số khó khăn cụ thể như bị hạn hán, xâm nhập mặn và nước biển dâng. Diện tích đất nông nghiệp nói chung, cụ thể là diện tích đất trồng lúa Hậu Giang đa số là vùng phèn, trũng, do đó cũng gặp khó khăn trong việc áp dụng triệt để quy trình ngập khô xen kẽ. Theo kế hoạch, khi dự án đầu tư cơ sở hạ tầng của Bộ NN-PTNT triển khai đầu tư đến đâu, tỉnh sẽ đầu tư đồng bộ để tạo ra một vùng sản xuất khép kín, đáp ứng các tiêu chí của Đề án.

Các mô hình thí điểm tham gia Đề án đã thực hiện. Tuy nhiên, việc kêu gọi doanh nghiệp vào liên kết chặt chẽ, bền vững, từ sản xuất đến tiêu thụ vẫn còn hạn chế. Đặc biệt, chưa có quy định cụ thể, rõ ràng về việc đo đếm phát thải, chi trả tín chỉ carbon nên cũng hạn chế việc tham gia của nông dân; việc xây dựng chuỗi giá trị lúa gạo phát thải thấp và tăng trưởng xanh chưa đạt kết quả.

Vai trò của doanh nghiệp trong việc tham gia Đề án chưa được quy định cụ thể, kể cả các doanh nghiệp cung ứng vật tư đầu vào, doanh nghiệp bao tiêu lúa gạo, doanh nghiệp về tín chỉ carbon…

PGS-TS Mai Văn Trịnh - Viện trưởng Viện Môi trường nông nghiệp - phân tích những thuận lợi và khó khăn của ĐBSCL khi đi vào thực hiện đề án. Theo đó, thực hiện Đề án là một cuộc chuyển đổi lớn cho nông dân ĐBSCL, tổ chức chuyển đổi sản xuất theo hướng nông nghiệp xanh, hiện đại. Sự chuyển đổi này thành công sẽ có tác dụng rất lớn đối với nền nông nghiệp Việt Nam, góp phần vào việc bảo vệ môi trường thế giới.

TS Nguyễn Bảo Vệ, nguyên Trưởng khoa Nông nghiệp (Đại học Cần Thơ), cho rằng việc xử lý rơm cho hợp lý để phát triển Đề án là rất quan trọng. Đốt rơm, lấy rơm đi khỏi ruộng và chôn xuống ruộng ngập nước… xử lý thành phân hữu cơ. Đây là vấn đề phải tính toán cho khoa học.

Ông Nguyễn Tiến Định, Trưởng phòng kinh tế và hợp tác trang trại (Cục Kinh tế hợp tác và Phát triển Nông thôn - Bộ NN-PTNT), cho rằng: "Vai trò tổ chức, hợp tác trong việc thực hiện Đề án là yếu tố căn bản. Ngoài ra, quy trình kỹ thuật canh tác để giảm phát thải là rất quan trọng. Việc tổ chức sản xuất lúa phải có liên kết tiêu thụ sản phẩm, thỏa thuận cung cấp vật tư nhưng phải thực hiện trước khi bắt tay sản xuất. Mục đích thực hiện đề án là cải thiện sản xuất để nâng cao chất lượng sản phẩm. Đây là một cuộc cách mạng xanh trong sản xuất nông nghiệp ở Việt Nam".

TS Đặng Triều Nhân, Viện trưởng Viện nghiên cứu ĐBSCL, cho rằng điểm nghẽn trong chuỗi liên kết là ai cũng muốn lợi cho mình. Nông dân thì năng lực có hạn, hiểu biết kinh doanh không nhiều, nếu vào tổ hợp tác, HTX phải có lợi hơn thì họ mới vào. HTX muốn thu hút nông dân để tạo chuỗi làm ăn nhưng có những quy định mà nông dân cần phải đáp ứng, ví dụ như góp vốn điều lệ. Còn về doanh nghiệp, họ cũng cân đo đong đếm quyền lợi để không bị thiệt thòi. Cần phải tìm ra cách làm để hài hòa quyền lợi giữa doanh nghiệp, HTX và nông dân thì điểm nghẽn này mới giải quyết được.

Kết thúc hội thảo, ông Ngô Minh Long, Giám đốc Sở NN-PTNT Hậu Giang, nhận định: “Các ý kiến đóng góp của các nhà quản lý, nhà khoa học, các chuyên gia, doanh nghiệp và hợp tác xã tại hội thảo có ý nghĩa quan trọng, giúp cho ngành nông nghiệp tỉnh Hậu Giang tháo gỡ những khó khăn, vướng mắc trong việc thực hiện liên kết chuỗi giá trị lúa gạo, góp phần thực hiện đề án tại Hậu Giang. Trong thời gian tới, Hậu Giang sẽ tiếp tục tổ chức sản xuất lại một cách bài bản, đồng bộ, tiếp tục xây dựng các cánh đồng lớn, hình thành hợp HTX, tổ hợp tác hay tổ chức của nông dân. Khuyến khích doanh nghiệp tham gia Đề án ký kết hợp đồng liên kết với các HTX, đào tạo tập huấn, chuyển giao cho nông dân trồng lúa và HTX biện pháp canh tác bền vững. Thông qua việc xây dựng các chuỗi liên kết bền chặt và ứng dụng mạnh mẽ các tiến bộ khoa học kỹ thuật sẽ từng bước hình thành vùng sản xuất lúa chất lượng cao phát thải thấp gắn với tăng trưởng xanh theo chủ trương của Chính phủ”.