Theo kế hoạch sắp xếp, tinh gọn tổ chức bộ máy của Chính phủ, mô hình tổng cục thuộc bộ sẽ không còn. Tổng cục Hải quan đã sắp xếp, tổ chức lại các đội/tổ thuộc chi cục hải quan và đơn vị tương đương theo thẩm quyền. Kết quả, tinh giản được 54 đầu mối cấp phòng, chi cục hải quan và tương đương; 236 đội/tổ thuộc chi cục hải quan, đội kiểm soát hải quan và đơn vị tương đương.

Theo phương án, hệ thống tổ chức đề xuất sẽ gồm 3 cấp là: Hải quan Việt Nam; hải quan khu vực/vùng; hải quan cửa khẩu/ngoài cửa khẩu; đồng thời sắp xếp, tổ chức lại các đơn vị bên trong của Hải quan Việt Nam bảo đảm tinh gọn, giảm đầu mối cấp trung gian, hoạt động hiệu lực, hiệu quả.

Hải quan Việt Nam là đơn vị tương đương cấp cục trực thuộc bộ, thực hiện chức năng tham mưu, giúp Bộ trưởng Bộ Tài chính quản lý nhà nước về hải quan và tổ chức thực thi pháp luật về hải quan trong phạm vi cả nước.

Trên cơ sở chức năng, nhiệm vụ được giao, Hải quan Việt Nam sẽ tổ chức, sắp xếp lại từ 16 đầu mối giảm xuống dự kiến còn 12 đầu mối tham mưu (giảm 4 đầu mối, tương đương 25%). Trong đó, một số đơn vị được thành lập các phòng/đội để thực hiện tham mưu và trực tiếp thực hiện công tác thuộc phạm vi chức năng nhiệm vụ, quyền hạn được giao. Số lượng dự kiến khoảng 55 phòng/đội (giảm 21 đầu mối, tương đương 27,6%).

Cấp thứ hai là hải quan khu vực/vùng là tổ chức trực thuộc Hải quan Việt Nam (là đơn vị tương đương chi cục trực thuộc cục trực thuộc bộ). Căn cứ vào địa bàn quản lý, yêu cầu thực tiễn trong công tác quản lý, Tổng cục Hải quan dự kiến phương án sắp xếp lại 35 cục hải quan hiện nay thành 15 hải quan khu vực/vùng (giảm 20 đầu mối, tương đương 57,14%) để quản lý hoạt động hải quan trên địa bàn 63 tỉnh thành.

Cấp thứ 3, hải quan cửa khẩu/ngoài cửa khẩu là đơn vị trực thuộc hải quan vùng trực tiếp thực hiện nhiệm vụ kiểm tra, giám sát và kiểm soát hải quan trên địa bàn cửa khẩu, các khu công nghiệp, khu chế xuất... được phân công. Hải quan cửa khẩu/ngoài cửa khẩu không có tổ chức cấu thành thành phần bên trong.

Tại hội nghị triển khai nhiệm vụ năm 2025 của ngành tuần trước, Bộ trưởng Tài chính Nguyễn Văn Thắng yêu cầu bộ máy mới phải tốt hơn cũ và cần đi vào hoạt động ngay để không ảnh hưởng tới hoạt động bình thường của xã hội. Cùng với đó, Hải quan Việt Nam phải ngang tầm với hải quan các nước phát triển trên thế giới.

Hiện tại, Tổng cục Hải quan có 17 cơ quan trực thuộc (trong đó có 8 cục chuyên ngành) và 35 chi cục tại các tỉnh thành. Năm 2024, Tổng cục Hải quan được giao chỉ tiêu thu ngân sách 375.000 tỉ đồng. Đến hết giữa tháng 12, đơn vị này đã thu được 402.680 tỉ đồng, vượt dự kiến 7,4% và tăng gần xấp xỉ 14% so với cùng kỳ 2023. Dự kiến, tổng thu hải quan cả năm nay ước đạt 418.000 - 420.000 tỉ đồng.

Tuyết Nhung