ThS-BS Nguyễn Ngọc Anh Tuấn: 'Metagenomic giống như kính hiển vi, không phải là toa thuốc'
Xét nghiệm Metagenomic không phải “chìa khóa vạn năng” để phòng bệnh, hay trẻ mãi không già mà nó chỉ là một công cụ hỗ trợ bác sĩ trong những ca bệnh khó, giúp nghiên cứu hệ vi sinh…
Thời gian gần đây, nhiều thông tin cho rằng xét nghiệm Metagenomic có thể giúp họ phòng bệnh, duy trì sức khỏe và thậm chí sống khỏe, trẻ lâu, không lệ thuộc thuốc.
Không ít người có điều kiện đã đổ xô làm xét nghiệm Metagenomic, họ xem đây như bản đồ sức khỏe chính xác nhất, để thiết kế lại bữa ăn, bổ sung đúng loại men sống phù hợp kích hoạt vi khuẩn bản địa hồi sinh, đẩy lùi bệnh tật, biết cách sống để trẻ lại tuổi sinh học thực sự từ ruột đến da, não và hormone.
Chia sẻ về điều này với phóng viên Một Thế Giới, ThS-BS Nguyễn Ngọc Anh Tuấn - Giám đốc Trung tâm xét nghiệm dịch vụ y sinh học lâm sàng và dịch vụ khoa học kỹ thuật, Viện Pasteur TP.HCM cảnh báo người dân cần tỉnh táo, đừng xem xét nghiệm Metagenomic là “chìa khóa vạn năng”, để phòng bệnh hay trẻ mãi không già; mà hãy coi nó như một công cụ hỗ trợ bác sĩ trong những ca bệnh khó, giúp nghiên cứu hệ vi sinh, và có tiềm năng trong y học cá thể hóa.
“Metagenomic là một công cụ đầy hứa hẹn, có thể thay đổi cách chúng ta chẩn đoán và điều trị bệnh trong tương lai. Tuy nhiên, hiện nay nó chưa phải là xét nghiệm thường quy cho cộng đồng. Người dân nên tiếp cận với tinh thần tỉnh táo, tham khảo ý kiến chuyên gia trước khi sử dụng, và đừng coi đây là “thần dược” cho sức khỏe”, bác sĩ Tuấn nói.
- Vậy bác sĩ có thể giải thích ngắn gọn xét nghiệm Metagenomic là gì?
- ThS-BS Nguyễn Ngọc Anh Tuấn: Metagenomic là lĩnh vực nghiên cứu cộng đồng vi sinh vật, lĩnh vực này nghiên cứu toàn bộ thông tin di truyền từ tất cả các sinh vật trong một mẫu (môi trường) như đất, nước, hoặc hệ tiêu hóa con người, nhằm hiểu rõ thành phần, tính đa dạng và tiềm năng của hệ vi sinh vật này mà không cần trải qua giai đoạn nuôi cấy, và phân tách trong phòng thí nghiệm thành từng loài riêng lẻ.
Hiện nay, Metagenomic đã trở thành một công cụ mạnh mẽ được sử dụng rất rộng rãi để nghiên cứu sự đa dạng của vi sinh vật. Lĩnh vực Metagenomic mang đến nhiều lợi ích trong y học, nông nghiệp, công nghệ sinh học, nghiên cứu năng lượng thay thế, hay môi trường
-Phương pháp xét nghiệm Metagenomic có gì so với các xét nghiệm vi sinh thông thường mà chúng ta vẫn biết, chẳng hạn như cấy phân hay xét nghiệm vi khuẩn, thưa bác sĩ?
-ThS- BS Nguyễn Ngọc Anh Tuấn: Metagenomic khác xét nghiệm vi sinh truyền thống ở chỗ nó phân tích trực tiếp toàn bộ vật liệu di truyền từ tất cả các sinh vật trong mẫu bằng cách giải trình tự toàn bộ gen mà không cần nuôi cấy, cho phép xác định cả các vi sinh vật không thể nuôi cấy được, hiểu được chức năng của cộng đồng vi sinh vật thay vì chỉ từng loài riêng lẻ, và phát hiện các gen quan trọng như kháng kháng sinh.
Phương pháp xét nghiệm truyền thống để tìm hiểu cấu trúc di truyền của một tác nhân phải qua các bước như: Nuôi cấy, phân lập, định danh từng loài riêng lẻ rồi mới tiến hành giải trình tự gen. Vì vậy, phương pháp truyền thống chỉ có thể phát hiện các vi sinh vật sống và phát triển được trong môi trường nuôi cấy, bỏ sót những loài khó nuôi.
Mặt khác, phương pháp truyền thống có thể không phát hiện được các vi sinh vật hiếm hoặc không phổ biến trong mẫu. Vì vậy, phương pháp này cung cấp thông tin về sự hiện diện của từng loài vi khuẩn, nhưng ít thông tin về chức năng tổng thể của cộng đồng vi khuẩn hoặc tương tác giữa các loài trong cùng môi trường sống.
- Nhiều người cho rằng xét nghiệm Metagenomic có thể giúp họ phòng bệnh, duy trì sức khỏe và thậm chí làm chậm quá trình lão hóa. Điều này có đúng không, thưa bác sĩ?
- ThS-BS Nguyễn Ngọc Anh Tuấn: Thông tin này chưa chính xác và chưa được kiểm chứng. Nếu nói về phòng bệnh và duy trì sức khỏe thì hiện nay có nhiều nghiên cứu cho thấy hệ vi sinh vật đường ruột liên quan mật thiết đến miễn dịch, chuyển hóa, thậm chí cả sức khỏe tâm thần.
Tuy nhiên, khoa học mới chỉ ở mức quan sát mối liên quan, chứ chưa đủ bằng chứng mạnh mẽ để nói rằng xét nghiệm Metagenomic giúp dự báo bệnh, hoặc can thiệp để phòng bệnh một cách chính xác.
Một số ứng dụng như điều chỉnh chế độ ăn, men vi sinh, prebiotics có thể cải thiện hệ vi sinh đường ruột, nhưng không phải cá nhân nào cũng đáp ứng với sự điều chỉnh này.
Đối với việc làm chậm lão hóa, có nghiên cứu gợi ý rằng hệ vi sinh có thể ảnh hưởng đến quá trình lão hóa, ví dụ qua cơ chế viêm mạn tính mức độ thấp, chuyển hóa chất dinh dưỡng. Nhưng đến nay, chưa có bằng chứng chắc chắn rằng xét nghiệm Metagenomic và từ đó điều chỉnh microbiome sẽ giúp làm chậm lão hóa. Đây vẫn còn là một hướng nghiên cứu đầy hứa hẹn nhưng chưa thành thực tiễn y học.
- Như vậy, khi đã có kết quả xét nghiệm, bác sĩ khuyến nghị người bệnh hay người khỏe mạnh nên thay đổi chế độ dinh dưỡng và sinh hoạt như thế nào?
- ThS-BS Nguyễn Ngọc Anh Tuấn: Thông thường, sau khi đã có kết quả xét nghiệm, các bác sĩ sẽ kết hợp với các thông tin sức khỏe từ tiền sử bệnh lý, điều kiện môi trường sống, chế độ dinh dưỡng, thói quen sinh hoạt… kết hợp với thăm khám lâm sàng và các phương pháp chẩn đoán cận lâm sàng khác như: chẩn đoán hình ảnh, giải phẫu bệnh…
Khi có đủ cơ sở để chẩn đoán, bác sĩ sẽ giúp bệnh nhân xác định các vấn đề sức khỏe hiện tại, từ đó nêu hướng điều chỉnh khắc phục hoặc điều trị, và các biện pháp phòng ngừa, bảo vệ sức khỏe trong tương lai.
- Liệu có nguy cơ người dân tự ý mua men vi sinh, hoặc thực phẩm bổ sung dựa vào kết quả xét nghiệm, dẫn đến lạm dụng hay phản tác dụng?
- ThS-BS Nguyễn Ngọc Anh Tuấn: Nguy cơ này là có. Nhiều người nghĩ “càng nhiều lợi khuẩn càng tốt”, nên tự uống nhiều loại probiotics hoặc với liều cao. Điều đó có thể gây rối loạn tiêu hóa, chướng bụng, thậm chí nhiễm khuẩn huyết ở người suy giảm miễn dịch.
Một số vấn đề khác như: Hiểu sai kết quả xét nghiệm; chi phí cao trong khi hiệu quả phòng bệnh chưa rõ ràng; nguy cơ từ thực phẩm bổ sung kém chất lượng...
Như chúng ta biết, Metagenomic có thể chỉ ra sự mất cân bằng hệ vi sinh, nhưng chưa có chuẩn mực lâm sàng để xác định “mức nào là bệnh lý, mức nào là bình thường”. Người dân dễ bị lo lắng, nghĩ rằng mình “thiếu lợi khuẩn A, dư hại khuẩn B” rồi tự điều chỉnh không phù hợp.
Các xét nghiệm này thường đắt tiền, trong khi lợi ích thực tiễn cho phòng bệnh ở người khỏe mạnh chưa được chứng minh rõ ràng. Dễ dẫn đến tình trạng “tiền mất, tật mang” nếu kỳ vọng quá cao.
Không phải sản phẩm thực phẩm bổ sung nào trên thị trường cũng đạt chuẩn. Một số có thể chứa chủng vi sinh không rõ nguồn gốc, thậm chí gây hại. Ngoài ra, người dân có thể bỏ qua những nguyên tắc nền tảng (ăn uống lành mạnh, vận động, ngủ đủ…) vì quá tin vào “viên bổ sung”.
Liều không đúng, thời gian quá dài có thể làm mất cân bằng hệ vi sinh bản địa. Nếu hệ vi sinh mang gen kháng kháng sinh (ARG), việc đưa thêm vi sinh có thể tăng khả năng chuyển gen kháng kháng sinh này cho các loài sinh vật khác. Điều này cực kỳ nguy hiểm vì nó sẽ ảnh hưởng trực tiếp đến việc điều trị các bệnh truyền nhiễm sau này cho cả cộng đồng.
Theo tôi lúc này vai trò của tư vấn y tế và chuyên gia dinh dưỡng là cực kỳ quan trọng. Các bác sĩ phải giải thích ý nghĩa thực sự của kết quả xét nghiệm; hướng dẫn cách cải thiện lối sống dựa trên bằng chứng, thay vì chỉ dựa vào men vi sinh.
- Xin bác sĩ cho biết, về mặt khoa học, độ tin cậy của xét nghiệm Metagenomic hiện nay ở mức nào?
- ThS-BS Nguyễn Ngọc Anh Tuấn: Thực tế, xét nghiệm Metagenomic vẫn còn một số hạn chế. Về mặt kỹ thuật, dễ nhiễm tạp trong quá trình lấy mẫu, tách chiết, hoặc phân tích, có thể cho ra kết quả “giả dương tính”; không phải lúc nào cũng phân biệt được “tác nhân gây bệnh” với “vi sinh vật thường trú vô hại”; độ bao phủ của cơ sở dữ liệu tham chiếu (genome database) chưa hoàn toàn đầy đủ, nên đôi khi chỉ định danh được đến chi (genus) chứ không phải đến loài (species).
Về độ tin cậy trong chẩn đoán, khi số lượng vi sinh trong mẫu rất nhỏ, metagenomic có thể không phát hiện được hoặc kết quả không ổn định; chưa có guideline (tài liệu hướng dẫn) quốc tế nào khuyến cáo dùng metagenomic như xét nghiệm thường quy cho người khỏe mạnh hoặc sàng lọc dự phòng.
Ngoài ra, do thiếu chuẩn hóa và biến thiên trong quá trình phân tích, cùng mẫu có thể cho kết quả hơi khác nhau khi thực hiện nhiều lần ở các phòng xét nghiệm khác nhau. Mặt khác, mỗi phòng xét nghiệm dùng thuật toán, bộ dữ liệu tham chiếu khác nhau dẫn đến kết quả có thể khác nhau, khó so sánh liên phòng. Nếu bệnh nhân đã dùng kháng sinh trước khi lấy mẫu, vi sinh vật có thể đã bị ức chế, giảm tải lượng vi khuẩn có thể bị Metagenomic khó phát hiện.
Trong khi đó việc hỗ trợ chẩn đoán thì Metagenomic chưa thể đưa ra chẩn đoán hay chỉ định điều trị cá thể hóa một cách đáng tin cậy.
Nói một cách hình ảnh là Metagenomic hiện giống như “kính hiển vi thế hệ mới” – soi được nhiều thứ hơn, nhưng để biến nó thành “toa thuốc chuẩn mực” cho cộng đồng thì vẫn còn chặng đường dài.
- Vậy những lợi ích nào của xét nghiệm này đã được chứng minh, thưa bác sĩ?
- ThS- BS Nguyễn Ngọc Anh Tuấn: Những lợi ích đã được khoa học chứng minh gồm: Chẩn đoán các ca nhiễm trùng khó, không nuôi cấy được; độ nhạy cao hơn nuôi cấy, phát hiện cả tác nhân hiếm; phát hiện đa tác nhân trong cùng mẫu; hỗ trợ lựa chọn kháng sinh hợp lý, giảm lạm dụng kháng sinh phổ rộng; nghiên cứu mối liên quan giữa hệ vi sinh đường ruột và các bệnh như béo phì, đái tháo đường, viêm ruột, dị ứng…
- Theo bác sĩ, phương pháp này có tiềm năng ứng dụng rộng trong cộng đồng, hay chỉ phù hợp với một nhóm nhỏ người dân có điều kiện?
- ThS-BS Nguyễn Ngọc Anh Tuấn: Về lý thuyết, Metagenomic có thể trở thành công cụ mạnh mẽ cho việc giám sát dịch tễ học (ví dụ: phát hiện sớm mầm bệnh mới nổi, kháng thuốc); nghiên cứu hệ vi sinh cộng đồng để hiểu mối liên hệ với dinh dưỡng, bệnh mạn tính, sức khỏe tâm thần; hỗ trợ cá thể hóa y học (personalized medicine) trong tương lai.
Tuy nhiên, thực tế hiện nay cho thấy xét nghiệm Metagenomic hiện còn rất cao so với thu nhập trung bình, đặc biệt tại các nước đang phát triển; cần phòng xét nghiệm đạt chuẩn, có hệ thống giải trình tự thế hệ mới, và đặc biệt là năng lực phân tích tin sinh học. Đây là rào cản lớn nếu triển khai đại trà.
Như tôi đã nói, hiện vẫn còn nhiều giới hạn về chuẩn hóa, phân biệt vi sinh thường trú/vi sinh gây bệnh, giải thích kết quả...
Do đó, hiện tại xét nghiệm Metagenomic chủ yếu phù hợp cho một nhóm nhỏ như: Bệnh nhân có tình trạng lâm sàng phức tạp, nhiễm trùng không rõ nguyên nhân mà các xét nghiệm thường quy thất bại; các trung tâm nghiên cứu, bệnh viện tuyến cuối có hạ tầng mạnh về công nghệ và phân tích dữ liệu; người dân có điều kiện kinh tế và mong muốn tham gia nghiên cứu hệ vi sinh cá thể.
Tôi hy vọng trong tương lai khi chi phí giải trình tự giảm mạnh, cùng với chuẩn hóa quy trình, Metagenomic có thể trở thành công cụ phổ biến hơn; ứng dụng cộng đồng khả dĩ nhất là giám sát dịch tễ, cảnh báo sớm mầm bệnh, nghiên cứu microbiome để xây dựng chính sách dinh dưỡng và y tế công cộng, chứ chưa hẳn là “xét nghiệm cá nhân” cho mọi người.
- Vậy rào cản lớn nhất khiến xét nghiệm này chưa được phổ biến tại Việt Nam là gì?
- ThS-BS Nguyễn Ngọc Anh Tuấn: Có 7 điểm chính gồm: Chi phí cao, ngoài tầm với của đa số người dân; hạ tầng kỹ thuật và phòng xét nghiệm đạt chuẩn còn hạn chế; thiếu nhân lực phân tích tin sinh học; chưa có quy trình chuẩn quốc gia; ý nghĩa lâm sàng trong nhiều trường hợp chưa rõ; chưa được bảo hiểm y tế chi trả và thiếu nghiên cứu ứng dụng tại Việt Nam, dữ liệu nội địa còn ít.
Xin cảm ơn bác sĩ về cuộc trò chuyện này!