Dựa theo Thông báo số 242/TB-BTC nội bộ của Bộ Tài chính, Chi cục trưởng Chi cục Thuế quận 11, TP.HCM đã ban hành quyết định thu hồi gần 33 tỉ đồng tiền thuế đã hoàn của Công ty Vạn Phú. Tuy nhiên, doanh nghiệp này đã có đơn khởi kiện hành chính, và tại phiên tòa sơ thẩm diễn ra ngày 24.4.2018, bên bị kiện được cho rằng đã ban hành quyết định không phù hợp với quy định pháp luật, đem đến rắc rối cho doanh nghiệp.