Tại cơ quan điều tra, Nguyễn Trọng Phương thừa nhận có nhắc đến “vụ Yên Bái” nhằm mục đích đe dọa, khủng bố tinh thần Chủ tịch UBND, Giám đốc Công an tỉnh Bắc Ninh để họ cho phép các công ty được nạo vét trên sông thuộc địa bàn tỉnh Bắc Ninh, trong đó có công ty của Phương.