Trung tâm Khảo kiểm nghiệm phân bón vùng Nam Bộ được Cục Trồng trọt ra quyết định chỉ định là tổ chức được phép chứng nhận phân bón nhưng từ đó đến nay không có Giấy chứng nhận đăng ký lĩnh vực hoạt động. Trung tâm này đã thực hiện chứng nhận, kiểm nghiệm cho hàng ngàn sản phẩm, hàng trăm doanh nghiệp với những sai phạm ở mức độ được cho là "rất nghiêm trọng".