Sau 3 năm triển khai thí điểm, UBND TP.HCM đánh giá Ban quản lý an toàn thực phẩm TP.HCM đã phát huy được sức mạnh trong việc đảm bảo an toàn thực phẩm cho TP, nhưng vẫn có một số vướng mắc, khó khăn do cơ chế khiến một số hoạt động còn lúng túng. Do đó, UBND TP đã đề xuất Thủ tướng chuyển Ban Quản lý An toàn thực phẩm trở thành Sở An toàn thực phẩm.