Trong 6 phòng chức năng của Ban Quản lý an toàn thực phẩm TP.HCM thì Phòng thanh tra của đơn vị này có lực lượng đông nhất, chiếm đến hơn 50% với khoảng 250 biên chế. Phần lớn nhân viên của phòng này là những thanh tra viên tại 10 đội thanh tra chuyên ngành toàn thực phẩm liên quận, huyện và các chợ đầu mối.