Phạm Xuân Ẩn đã được Nhà nước và quân đội tặng thưởng nhiều huân chương cao quý, nhưng đồng thời ông cũng phải chấp nhận những quy định ngặt nghèo như: Phải giữ bí mật về công việc đã thực hiện, sự nghi ngờ của tổ chức, sự giám sát chặt chẽ, việc tham gia chỉnh huấn - dù ông nói là “nhẹ nhàng”, “phải sống cách ly, biệt lập, cô đơn”. Nhưng ông đã vượt qua hết thảy, tổn thương nhưng không chán nản tuyệt vọng.
