Trong thời gian bị bắt, ông Sáu Ngừng được đưa về giam giữ tại Trung tâm 3 và trại giam Bình Phú của Công an tỉnh. Ông liên tiếp kêu oan, mẹ ông dù lớn tuổi nhưng lặn lội đi gặp những cán bộ lãnh đạo cấp thị xã, Tỉnh ủy Bến Tre gửi đơn kêu oan cho ông. Ai cũng hứa sẽ xem xét, nhưng ông Ngừng vẫn bị giam giữ…