Ga Ba Son được thiết kế ngầm dài 240m, rộng 34,5m, độ sâu khoảng 20m gồm 2 tầng. Trong đó, tầng 1 gồm có sảnh đợi, máy bán vé, cổng thu phí tự động và phòng hướng dẫn thông tin cho hành khách. Tầng 2 là sân ga, nơi có tàu dừng, đỗ để đón và trả khách.