Từ khi Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu số 107/2016/QH13 có hiệu lực, Khu kinh tế (KKT) Cửa khẩu quốc tế Cầu Treo không còn đáp ứng đủ điều kiện để được hưởng ưu đãi khu phi thuế quan và các chính sách thuế đối với hàng hóa, dịch vụ, khối lượng công việc tại KKT này gần như không còn.