Ủy ban Kiểm tra Thành ủy TP.HCM nói rằng ông Lê Vinh Danh với vai trò là Bí thư Đảng ủy Trường đại học Tôn Đức Thắng, phụ trách công tác tổ chức cán bộ nên là người chịu trách nhiệm cao nhất và trực tiếp. Ngoài ra, với vai trò hiệu trưởng trường, ông còn có những thiếu sót, khuyết điểm, vi phạm.