Hình ảnh video chỉ lưu giữ được 4-5 ngày; hệ thống hoạt động chậm, thường bị treo máy khi muốn xem lại dữ liệu video; phần mềm quản lý thu phí chưa hỗ trợ được việc trích xuất báo cáo số thu phí của từng loại vé, từng ca, từng ngày, từng tháng... dẫn tới việc giám sát, kiểm tra tại tuyến BOT Pháp Vân - Cầu Giẽ gặp nhiều khó khăn.