Trong những năm đầu thập niên 90 của thế kỷ 20, sau khi Liên Xô tan rã và các nước xã hội chủ nghĩa Đông Âu sụp đổ, nước ta đứng trước những khó khăn vô cùng to lớn. Tình hình đó đã ảnh hưởng rất nhiều đến hoạt động và sự phát triển của Liên hiệp Các hội KH-KT Việt Nam và các hội thành viên…
Vượt qua mọi khó khăn, thiếu thốn, nhiều hoạt động mới của Liên hiệp Các hội khoa học - kỹ thuật Việt Nam (gọi tắt là Liên hiệp hội) dần được định hình, trong đó tư vấn, phản biện và giám định xã hội là một phương hướng hoạt động lần đầu tiên được triển khai thực hiện với luận chứng kinh tế - kỹ thuật công trình thủy điện Yaly trên sông Sê San (tỉnh Gia Lai) và tài liệu kỹ thuật công trình đường dây tải điện 500 kV Bắc - Nam do hãng Nippon Koei (Nhật Bản) lập.
Trong hai ngày 27 và 28.9.1993, Đại hội đại biểu toàn quốc lần thứ 3 Liên hiệp hội đã được tiến hành tại Bảo tàng Hồ Chí Minh (Hà Nội). Dự đại hội có 184 đại biểu thay mặt cho 34 hội ngành toàn quốc và 8 liên hiệp hội địa phương. Tổng bí thư Đỗ Mười, Đại tướng Võ Nguyên Giáp, Giáo sư-tiến sĩ Nguyễn Đình Tứ, Giáo sư Nguyễn Đức Bình, các ông Vũ Oanh, Lê Quang Đạo, Nguyễn Khánh, đại diện các tổ chức thành viên Mặt trận Tổ quốc Việt Nam, nhiều bộ ban ngành trung ương và thủ đô Hà Nội cùng một số khách nước ngoài đã đến dự đại hội.
Phát biểu ý kiến chỉ đạo đại hội, Tổng bí thư Đỗ Mười nhấn mạnh: “Hoạt động của Liên hiệp hội và các hội thành viên đã góp phần tích cực nâng cao dân trí, đào tạo nhân lực, bồi dưỡng nhân tài, hợp tác trong nghiên cứu khoa học và chuyển giao công nghệ, tham gia vào việc biên soạn hoặc đảm nhận vai trò tư vấn, phản biện và giám định các dự thảo về chủ trương, chính sách của Đảng và Nhà nước, các dự luật, các dự án kinh tế - xã hội và khoa học, công nghệ ở tầm quốc gia.
Nhiệm vụ đặt ra trong chặng đường tới cũng rất nặng nề, có thể nói còn nặng nề hơn trước. Phải tăng cường ổn định chính trị - xã hội, bảo vệ vững chắc độc lập, chủ quyền quốc gia, toàn vẹn lãnh thổ, bảo đảm môi trường trong nước và quốc tế thuận lợi để đẩy mạnh công nghiệp hoá, xây dựng dựng đất nước, làm cho nền kinh tế phát triển lành mạnh với nhịp độ cao và liên tục, cải thiện đời sống vật chất và văn hóa của nhân dân, thực hiện công bằng xã hội, bảo vệ và cải thiện môi trường, đem lại cuộc sống ngày càng ấm no, tự do, hạnh phúc cho toàn dân. Đội ngũ đông đảo trí thức nước nhà thuộc Liên hiệp hội phải đảm nhiệm vai trò xứng đáng trong việc thực hiện sự nghiệp trọng đại đó”.
Trong lời phát biểu chào mừng đại hội, Đại tướng Võ Nguyên Giáp khẳng định: “Sự phát triển nhanh và lớn như vậy chứng tỏ hình thức tổ chức các hội khoa học và kỹ thuật đã đáp ứng được nguyện vọng của đại đa số cán bộ khoa học và kỹ thuật, của giới trí thức. Đây là một hình thức tổ chức dân chủ, tự nguyện, một tổ chức phi chính phủ mang tính chất tự chủ, tự quản. Hoạt động trong các hội khoa học và kỹ thuật, các đồng chí không bị ràng buộc và ngăn cách bởi sự phân chia hành chính. Đó là tính ưu việt của hình thức tổ chức của Liên hiệp hội”.
Với tinh thần đoàn kết, đổi mới và xây dựng, các đại biểu đã thảo luận sôi nổi, thông qua báo cáo của Hội đồng Trung ương (khóa 2) cùng các văn kiện quan trọng khác và bầu ra Hội đồng Trung ương (khóa 3) gồm 95 ủy viên. Hội đồng Trung ương (khóa 3) tiếp tục suy tôn Giáo sư-Viện sĩ Trần Đại Nghĩa làm Chủ tịch danh dự, bầu Đoàn Chủ tịch gồm 11 ủy viên và Ủy ban Kiểm tra gồm 5 ủy viên:
Chủ tịch danh dự: Giáo sư-Viện sĩ, Anh hùng Lao động Trần Đại Nghĩa
Đoàn Chủ tịch Hội đồng Trung ương Liên hiệp hội nhiệm kỳ 3 (1993-1999)
- GS Hà Học Trạc - Chủ tịch.
- GS Phan Huy Lê - Phó chủ tịch.
- TS Phạm Sĩ Liêm - Phó chủ tịch
- TS Nguyễn Hữu Tăng - Phó chủ tịch.
- PTS Hồ Uy Liêm - Tổng thư ký.
- TS Nguyễn Năng An - Ủy viên.
- VS Vũ Tuyên Hoàng - Ủy viên.
- PTS Nguyễn An Lương - Ủy viên.
- TS Chu Phạm Ngọc Sơn -Ủy viên.
- LS Ngô Bá Thành -Ủy viên.
- Ông Phạm Quốc Tường - Ủy viên.
Ủy ban Kiểm tra Liên hiệp hội nhiệm kỳ 3 (1993-1999)
- Ông Trần Cư - Chủ nhiệm.
- PTS Huỳnh Văn Hoàng - Ủy viên.
- Ông Ngô Đức Minh - Ủy viên.
- TS Nguyễn Thiện Phúc - Ủy viên.
- PTS Trịnh Văn Tự - Ủy viên.
Lần đầu tiên tại Đại hội đại biểu toàn quốc lần thứ 3 xuất hiện biểu trưng của Liên hiệp hội, sử dụng yếu tố cơ bản là một hình tam giác đều, được hợp thành bởi 3 chữ V (chữ đầu của từ Việt Nam và VUSTA), đặt trong biên hình tròn có dòng chữ “Liên hiệp Các hội khoa học và kỹ thuật Việt Nam - VUSTA”.
Hình tam giác đều tượng trưng cho 3 lĩnh vực hoạt động chủ yếu của Liên hiệp hội là khoa học xã hội, khoa học tự nhiên và khoa học kỹ thuật. Các chữ V vừa là bộ phận của hình tam giác đều, vừa liên kết với nhau, gợi nên hình dáng của những cánh chim đang tung bay, ẩn dụ ý nghĩa sau: Đoàn kết trong Liên hiệp hội, hoạt động khoa học và kỹ thuật sẽ có điều kiện để phát triển, vươn cao, vươn xa mãi (theo họa sĩ Nguyễn Duy Lẫm, tác giả mẫu biểu trưng đoạt giải nhất trong cuộc thi sáng tạo được Liên hiệp hội tổ chức trước khi diễn ra đại hội 3).