Theo cơ quan điều tra, ông Nguyễn Bắc Son đã lợi dụng chức vụ, quyền hạn, vì động cơ mục đích cá nhân, quyết liệt chỉ đạo nhân viên dưới quyền làm trái quy định gây thiệt hại hơn 6.475 tỉ đồng. Hành vi của ông Nguyễn Bắc Son đã phạm vào tội "Vi phạm quy định về quản lý và sử dụng vốn đầu tư công gây hậu quả nghiêm trọng" với vai trò chủ mưu, cầm đầu.